תעודת בגרות מלאה פלוס
כל תלמידי המגמה לומדים לתעודת בגרות מלאה, הכוללת בנוסף למקצועות הבגרות הרגילים את שלושת מקצועות המגמה. ערך כל מקצוע הוא 5 יחידות לימוד, שהיא רמת ההוראה הגבוהה ביותר הקיימת במערכת החינוך.

o מדעי הים – מקצוע מוביל, הכולל ביולוגיה ימית, אוקיינוגרפיה, גיאולוגיה וארכיאולוגיה ימית (5 יח"ל).
o ימאות יאכטות – מקצוע התמחות, הכולל הסמכה למשיט יאכטה (5 יח"ל).

סיורים לימודיים
התלמידים יוצאים לסיורים לימודיים להמחשת החומר העיוני שנלמד בביה"ס מס' פעמים בשנה. הסיורים כוללים הדגמות במקומות כמו: רמת הגולן להמחשת טקטוניקת הלוחות, חוף הים ללמידת הגיאולוגיה והכרת החי והצומח, מוזיאון הכט לפגישה ארכיאולוגית, סקר דולפינים בים הפתוח ועוד.

קורס צלילה
על מנת שיוכלו ליישם את לימודיהם העיוניים, עוברים כל תלמידי המגמה קורס צלילה בהיותם בכתה י"א ומבצעים צלילות התמחות בביולוגיה ימית ובארכיאולוגיה ימית.

משיט יאכטה
תלמידי המגמה לומדים ימאות עיונית ומעשית בהיקף של 6 שעות שבועיות. אלו שיעמדו בהצלחה במבחנים העיוניים והמעשיים יקבלו תעודת הסמכה למשיט ספינה לשייט חופים (משיט יאכטה). לימודי הימאות נערכים בכיתות הלימוד, בסירות המפרשים של ביה"ס ובספינות האימונים שלו וכוללים הפלגות לימודיות לאורך חופי הארץ ולחו"ל.